危機事件
2006 互花米草入侵高美濕地
2010 燃料油汙染事件
2012 保護區設立後，民眾無視公告闖入
2015 當地居民反對清水工業區設立
2019 經東海大學檢測，木棧道起點水質大腸桿菌超標120倍
觀光超載
總量管制
高美濕地每年遊客超過200萬人次，名列遊客人數最多的濕地。 卻以收取停車費、攤商販售小吃為獲利模式，靠大量人潮來衝高經濟效益。
超量的觀光人潮也影響著高美濕地的生態系統。
生態旅遊
高美濕地為農委會公告的野生動物保護區及野生動物重要棲息環境， 大量打著生態旅遊口號的遊客湧入早已嚴重超出當地生態承載量。
環境汙染
外來物種
水筆仔
水筆仔並非高美濕地的原生物種，而是人為刻意栽種下的結果，其迅速生長和茂密的特性正是濕地陸化的幫兇。
互花米草
原生於北美洲沿海一帶， 其有助於陸化的特性被許多國家引進做為陸化沿海的物種。 中國每年花費上億元的人民幣經費進行研究與移除仍無成效， 對海岸溼地生態形成幾近毀滅性的災害。 台灣自2006年起陸續已於中北部出海口皆可看見互花米草的身影， 目前幾乎北面沙灘溼地均已淪陷，高美溼地也是其中的受害名單之一。
埃及聖䴉
原為非洲鳥類，目前族群已擴散至西部各縣市沿海濕地， 已有明顯之繁殖群聚紀錄，高美濕地已成為該鳥種在中部地區最大棲息地。
環境挑戰
棲地減少
濕地陸化的轉變過程幾乎是難以逆轉的，而因陸化的過程而消失的物種更是不可逆的， 任何缺乏環境意識的工程，人為引進物種或是過度人為干擾，都將對高美濕地造成無法挽回的傷害。